1. 古我無礼神社
   ヤマタノオロチの伝説がある冠岳。その麓にあった古我無礼神社の御霊である冠八面大明神、闇龗神（クラオカミノカミ）をお祀りしています。
   「龗（オカミ）」は龍神様を表します。闇龗神は天照大神の荒魂である瀬織津姫神とも言われており、祇園社の疫病退散の神様とともに、古くから「古我無礼信仰」として遠くからも信仰を集めてきました。
2. 妙見神社
   祇園山に降った雨が浄化されて神社から数キロ先にとても綺麗な湧水となって湧き出ており、そこに妙見神社をお祀りし、境内にその御霊、水神様である水波女神（ミズハノメノカミ）をお祀りしています。
   水波女神も瀬織津姫神と同一神と言われています。
3. 権現神社
   世界遺産になりました那智熊野の熊野三社権現（家都美御子神、熊野速玉神、熊野夫須美神）をお祀りしています。
4. 大山祇神社
   山の神である大山祇神（オオヤマズミノカミ）をお祀りしています。
5. 天満天神
   「天満様」「天神様」として信仰を集める菅原道真公をお祀りしています。
6. 生目大明神
   目の神様である宮崎市の生目八幡宮（現在は生目神社）から御霊を勧請しお祀りしています。
7. 安産の神
   安産・子宝・子育ての神様として神功皇后をお祀りしています。
8. 仁王像・薬師如来像・不動明王像
   祇園神社には、神社には珍しく、三の鳥居（両部鳥居という珍しい形です）の前に仁王様が鎮座されています。また、社務所には薬師如来像と不動明王像もお祀りしています。日本に仏教が渡来した時から、日本の人々によって「神」と「仏」は同じものとして信仰されてきました。その素朴な神仏習合観念はさまざまな変遷をたどり廃仏毀釈により神仏が分離されるまで続きます。当神社では廃仏毀釈を経ても仁王像、薬師如来像、不動明王像をお祀りしています。