九州の中央に「九州島発祥の地」である祇園山がそびえています。

４億３千万年前のクサリサンゴの化石が発掘され九州で最初に海から顔を出し陸地になったことが証明された山で、日本でも有数の古い地層であることが分かっています。古代の人々はこの神聖な山を中心に、熊本県旧清和村、蘇陽町、高千穂町の一部を含む「知保郷圏域」の鎮守の神様として、欽明天皇の時代（西暦530年代）に、牛頭曽男神、蘇民将来・巨丹将来を合祀して「祇園社」として創始されたのが祇園神社の始まりです。

祇園社の創建からおよそ３3０年後の貞観１１年（西暦869年）、当地も含めて全国で疫病が流行った時代、山城国（京都）八坂神社から疫病・厄難消除の祈願守護神として素戔嗚大神（スサノオノミコト）を主祭神として勧請し、伊弉冉大神（イザナミノミコト）、大己貴大神（オオナムチノミコト＝大国主命）、奇稲田姫命（クシナダヒメノミコト）、五ツ瀬神（イツセノミコト）、蘇民将来・巨丹将来、天満天神、足名椎神・手名椎神、稲荷大明神の諸神十一柱の神様を合祀して「八坂神社」と改称しました。

「祇園社」から「八坂神社」となってからも「お祓いの神様」として、地元はもとより、九州各地、遠く本州からも参拝にお越しいただいていました。

そして八坂神社創建からおよそ１１００年後の昭和十年に「祇園神社」と改称し現在に至っています。